Straaljagers veroorzaken een gierend gebulder wanneer ze overvliegen. Schietoefeningen en de bombardementen geven keiharde klappen en doffe dreunen die ver over het stille wad dragen.
De F16's die de laagvliegroutes boven de Waddenzee vliegen, produceren op een kilometer afstand op de grond nog een geluidsniveau van 77 decibel. Op 5 kilometer afstand ligt het aantal decibels op 53. Overigens is het gebruik van de laagvliegroutes boven de Waddenzee enigszins afgenomen. De Koninklijke Luchtmacht verwacht uiteindelijk een vermindering van ongeveer 30% ten opzichte van de situatie in 1990.
De tanks op Vlieland produceren op 1 kilometer afstand een geluidsniveau van ruim 50 decibel. Het tankgeschut zorgt op dezelfde afstand voor 73 decibel, met pieken tot 137 decibel. Op 6 kilometer afstand liggen die waarden respectievelijk op 40 en 96 decibel. De pijngrens voor geluid ligt bij mensen op 140 decibel.
De rust op het wad wordt grondig aangetast door het lawaai. Recreanten die de stress van het jachtige bestaan hopen te ontvluchten komen bedrogen uit als ze een oefening van nabij meemaken. Over de vraag of vogels ook hinder ondervinden van overvliegende straaljagers, spreken de wetenschappelijke rapporten elkaar regelmatig tegen. Uit een onderzoek naar kanoetstrandlopers uit 1992 bleek dat zij opvlieggedrag vertonen wanneer straalvliegtuigen over hen heen scheren. Te vaak opvliegen kan slecht zijn voor wadvogels omdat ze hun tijd hard nodig hebben om de vereiste hoeveelheid voedsel binnen te krijgen. Bovendien gaat opvliegen gepaard met onnodig energieverlies. Andere onderzoeken duiden op gewenningsverschijnselen: de wadvogels reageren steeds minder schrikachtig op overvliegende straaljagers.
De Waddenvereniging heeft als standpunt dat in een internationaal natuurgebied als de Waddenzee in principe helemaal geen militaire activiteiten thuishoren, gezien de lawaaioverlast en de bodemverontreiniging.