Wadden

De Koninklijke Marine gebruikte het zeewater ten zuiden van de onbewoonde zandplaat Noorderhaaks (de Razende Bol), ten westen van het Marsdiep, als schietgebied. Vanuit het zeefront van Den Helder werd naar het westen geschoten.
De Noorderhaaks valt onder de Natuurbeschermingswet, het omliggende zeewater behoort tot het Natura-2000-gebied 'Noordzeekustzone' en veel van de dieren die op de plaat rusten zijn ook bij wet beschermd. De rechter bepaalde onlangs dat Defensie voor de oefeningen een vergunning in het kader van de Flora- en Faunawet nodig heeft. De oefeningen zijn stilgelegd tot die vergunning verleend is.

De luchtmacht houdt sinds 1956 oefeningen op de Vliehors, de grote zandplaat aan de westkant van Vlieland. Men oefent gemiddeld 180 dagen per jaar met bommen, raketten en boordgeschut van vliegtuigen. In het weekende zijn er geen oefeningen. Van 1 maart tot 15 september mogen geen explosieven afgeworpen worden. De schietrange van de luchtmacht ligt op de westpunt van Vlieland. De vliegtuigen vliegen aan vanaf de Noordzee en vanaf de Afsluitdijk over de Waddenzee.
De straaljagers zorgen voor veel geluidsovelast, onder andere voor de bewoners van De Cocksdorp op Texel. Vanaf 1995 is daarom het aantal oefeningen met zware bommen beperkt. Een ander probleem is de vervuiling. Rond een doel op de Vliehors was achthonderd kubieke meter grond ernstig verontreinigd met zware metalen en gechloreerde koolwaterstoffen. Het grondwater bevatte onder meer cadmium en arseen.
Tot april 2004 was ook het Cavalerieschietkamp (CSK) van de landmacht op Vlieland gevestigd. Vanuit dit kamp werd volop met tanks geoefend op de Vliehors.

De Marnewaard is een militair oefenterrein dat ten noordoosten van het Lauwersmeer ligt op de grens van Friesland en Groningen. Dit oefenterrein is in 1989 in gebruik genomen en heeft een oppervlakte van 2080 hectare inclusief de gevarenzone. Het ligt net buiten het internationaal beschermde deel van het waddengebied. De baan en het doelengebied liggen buiten de grens die is aangegeven in de Derde Nota Waddenzee maar een deel van het onveilige gebied ligt er binnen. De Marnewaard ligt in het natuurgebied waar miljoenen wadvogels leven.

Op de schietbaan wordt gedurende 14 weken per jaar drie dagen per week geschoten met een zo'n 1300 schoten per dag. Dit levert geluidsniveaus op tot meer dan 90 decibel. Weliswaar wordt de laatste jaren op minder dagen dan voorheen geschoten, maar het blijft het enige terrein in Nederland waar met 25 millimeter-kanonnen geoefend kan worden.
In het Lauwersmeergebied leven veel watervogels. Onderzoek naar de effecten van de schietoefeningen en het militaire verkeer is verricht door Alterra (destijds IBN-DLO, nu IMARES). De wetenschappers konden geen duidelijke relatie aantonen tussen de oefeningen en verschijnselen van verstoring onder de vogels. Het was niet duidelijk of de vogels reageerden op de geluidshinder of op andere verstoringen.

Voor het militaire luchtverkeer zijn speciale routes en minimum vlieghoogtes ingesteld om overlast op de eilanden te beperken.
Boven Noordoost-Nederland ligt een laagvliegroute voor NAVO-luchtmachtoefeningen. Op deze route mogen gevechtsvliegtuigen tot op een minimale hoogte van 250 voet (75 meter) vliegen. Boven de Waddenzee is laagvliegen echter tijdelijk opgeschort: daar mogen straaljagers niet lager vliegen dan 1000 voet (300 meter).
In Duitsland zijn de Leybucht, de Buiten-Weser en de Jadebusen aangewezen als laagvlieggebied.
Net buiten het waddengebied liggen een aantal militaire vliegvelden. In Nederland zijn dat het vliegveld De Kooy bij Den Helder en vliegbasis Leeuwarden. In Duitsland liggen militaire vliegvelden bij Jever, Wittmund, Nordholz, Eggebek/Tarp en Kropp, in Denemarken ligt er een bij Skrydstrup.
Tussen 1985 en 1990 kwam een discussie op gang om de laagvliegroute te verleggen of af te schaffen. Dit leidde in 1991 tot een vermindering van het aantal laagvliegvluchten tot een maximum van 2000 vluchten per jaar.