Wadden

Volgens de vierde Nota Waterhuishouding mochten er in 2000 geen nadelige effecten van vervuilende stoffen (contaminanten), waaronder zware metalen meer gevonden worden in het Noordzeewater. Dat streven is niet gehaald. Hoewel er voor zware metalen, zoals cadmium, nikkel, zink en kwik een dalende trend is, zijn er andere stoffen waarvan de concentraties nog toenemen zoals vlamvertragers en weekmakers. Om de normen, zoals overeenkomen in de OSPAR-verdragen in 2020 te halen moeten vooral bronnen binnen de landbouw en industrie aangepakt worden. Voorbeelden van andere vervuilende stoffen zijn olie, PCB, PAK, TBT en bestrijdingsmiddelen.

In de OSPAR verdragen staat dat de uitstoot van stikstof en fosfaat in 2000 nog maar 50% mocht zijn van die in 1985. Inmiddels is deze norm voor fosfaat al behaald, maar voor stikstof was de reductie in 2002 nog maar 30%. Internationaal zijn de reducties bij lange na nog niet gehaald. Hierdoor zijn schadelijke effecten van eutrofiëring, zoals plaagalgen en gifalgen, zuurstofgebrek en sterfte van bodemleven en vis nog steeds groot. De landbouw is de grootste bron van de uitstoot van fosfaat en stikstof, maar ook rioolwaterzuiveringsinstallaties en de industrie dragen bij.

Het zee-milieu wordt verstoord door met name visserij, maar ook door zandwinning en zwerfvuil. De intensiteit van de visserij is in de afgelopen decennia sterk toegenomen. In de kustzone is vooral garnalenvisserij te vinden, terwijl op zee de boomkor-, industriële en pelagische (of rondvis- ) visserij een rol speelt. Door de visserij bevinden zich diverse vissoorten beneden biologisch veilige niveaus, zoals kabeljauw en schol en is er geen evenwichtige opbouw van de visgemeenschappen: grote vissen worden steeds zeldzamer en soorten als roggen verdwijnen. Een maatregel om jonge vis veilig te laten opgroeien is de scholbox.
Door de boomkorvisserij wordt de bodem omgewoeld, waarmee langlevende bodemdieren, zoals noordkrompen, verdwijnen en plaats maken voor kortlevende opportunistische soorten. Tenslotte wordt er veel extra vis als bijvangst gevangen en weer overboord gezet en raken andere organismen zoals bruinvissen in visnetten verstrikt.
De EU heeft de ecosysteembenadering opgenomen in het Gemeenschappelijk Visserijbeleid en de visserijsector onderzoekt milieuvriendelijke alternatieve visserijtechnieken, zoals pulskor-visserij.
Een andere verstoring is zandwinning, waarbij het bodemleven wordt vernietigd en tijdelijk slib opdwarrelt waardoor het water vertroebelt. Ook zwerfvuil is een probleem. Jaarlijks komt er meer dan 600 duizend kubieke meter zwerfvuil in de Noordzee terecht, voornamelijk door scheepvaart, visserij en recreatie. Vogels zoals de Noordse stormvogels zien plastic voor voedsel aan en komen zo vol zwerfvuil te zitten. Het beleid is erop gericht het probleem bij de bron aan te pakken, maar op kleine schaal wordt ook het vuil door vissers zelf uit zee gevist.
Andere problemen zijn akoestische verstoring, conflicterend ruimtebeslag, de introductie van vreemde soorten en klimaatveranderingen. Voor deze problemen zijn niet zo eenvoudig streefwaarden voor de toekomst op te stellen, zoals dat bij bijvoorbeeld vervuiling wel kan.

Verschillende meetnetten brengen de milieukwaliteit van de Noordzee regelmatig in beeld. Een recente rapportage over de verontreiniging met chemische stoffen is te vinden in de Milieubalans en Natuurbalans 2007.

In het kader van het project Watersysteemverkenningen (de voorbereiding van de Vierde Nota Waterhuishouding) is afgesproken welke stoffen, soorten en verschijnselen informatie verschaffen over de kwaliteit van het milieu van het kustwater van de Noordzee. Rapportages over deze 'doelvariabelen' zullen aangeven of het beleid ter verbetering van de kwaliteit op het goede spoor zit.
Het gaat om de volgende chemische stoffen: totaal stikstof, totaal fosfaat, zware metalen (cadmium, koper, lood, kwik en zink), PCB's, dioxinen, PAK's en bestrijdingsmiddelen (tributyltin, atrazine, simazine, DNOC, 2,4D, diuron, lindaan, dichoorvos, parathion-ethyl en mevinfos) en radioactieve stoffen (H-3, SR-90, I-131, CS-137en Po-210).
De planten die een rol spelen in het 'meetsysteem' zijn: het totale gehalte aan chlorofyl (maat voor de planktongroei), de plaagalgen dinophysis en Phaeocystis en struikwieren (ceramium, chondus, gigartina stellata, cladophora caespitosa, catenella, polysiphonia).
Ook vissoorten spelen een rol: de lotgevallen van haring, kabeljauw, de stekelrog, de schol en de spiering worden als indicatoren voor een gezond milieu geschouwd.
Uit de bodemfauna zijn de lotgevallen van de garnaal en het nonnetje bepalend voor de milieukwaliteit.
De eidereend, de grote stern, en de strandplevier zijn de vogels die in het meetsysteem zijn opgenomen, en de bruinvis, de grotere dolfijn-achtigen en de gewone zeehond de zoogdieren.
Ook fysische variabelen zijn in het meetsysteem opgenomen: het doorzicht als maat voor de helderheid, het totale oppervlakte aan intergetijdengebied, het totale oppervlakte aan kwelders, de totale lengte van de oevers en de lengte van natuurlijke oevers zijn bepalend.
En tenslotte worden ook menselijke activiteiten meegewogen: de intensiteit van de scheepvaart, de visserij op schol, tong en garnalen de winning van olie en gas, het aantal recreatiedagen en de zwemwaterkwaliteit. Ook is er een lange lijst van stoffen die van belang zijn bij de controle op illegale lozingen, waaronder uiteraard olie één van de belangrijkste is.