De natuur en het milieu in de Waddenzee zijn er op vooruit gegaan sinds 1990. Vooral de waterkwaliteit is verbeterd, met positieve invloed op de planten en dieren.
Vermesting zorgt nu en dan voor een bloei van algen in het waddenwater. Samen met stofdeeltjes in het water wordt het water zo troebel dat de groei van wieren belemmerd wordt. Maar metingen wijzen uit dat deze verschijnselen in de 21e eeuw afnemen, doordat de Rijn en andere rivieren steeds minder voedingsstoffen aanvoeren omdat er minder vuil water wordt geloosd. Vooral het gehalte aan fosfaat is afgenomen, een belangrijke voedingsstof voor algen. De hoeveelheid nitraat, een andere belangrijke voedingsstof, is niet gedaald. De afname van voedingsstoffen heeft tot gevolg dat er minder algen in het water groeien. De concentratie van ammonia en nitriet is nog steeds een factor drie tot vijf hoger dan in natuurlijk water. In het algemeen is de zuidelijke Waddenzee meer geëutrofieerd dan de noordelijke Waddenzee.
De hoeveelheden zware metalen nemen af of blijven stabiel. De concentraties van industriële stoffen, zoals PCB's , TBT en andere bestrijdingsmiddelen worden steeds lager.
Van enkele hardnekkige verontreinigingen blijven de concentraties hoger dan de streefwaarden, zoals van gebromeerde vlamvertragers. Het langetermijn effect van deze stoffen, net als dat van hormoonverstorende stoffen op organismen is nog niet duidelijk.